星盟的飞船追杀而至，秋之墩号和士官长被迫分别登陆4号光环。光环上的实验室中有一些当年先行者抓来做研究的洪魔，光环发动时因为身处其中反而逃过一劫。先行者在各个光环上派驻了会飞的人工智能——引导者，其使命是防止除回收者（人类或先行者）外的生物进入光环释放洪魔，并防止洪魔脱逃，如果洪魔已经逃出，为防止更大范围的感染，引导者要找到回收者，借助其身份开启光环（只有回收者才能发动光环），消灭杀伤范围中包括洪魔在内的一切生命（一个光环的杀伤范围约为七分之一个银河系）。

秋之墩号的船长误纵洪魔，感染了整个光环，为履行不让洪魔外逃的职责，引导者343罪恶火花哄骗士官长开启了光环，士官长发现被骗后悔不迭，于是费尽心机破坏了几个脉冲发射器，让杀伤波无法放出。之后，为了防止洪魔扩散到光环之外，士官长将4号光环炸毁。

光环2的情节紧接着光环1展开。士官长炸毁4号光环回到地球后，“悲怆先知”率星盟舰队进攻地球，最终被击退，士官长尾随其后，发现了5号光环----三角洲。士官长斩杀悲怆先知后，在星盟舰队轰炸下失去知觉，为光环上的尸脑兽所擒（此尸脑兽是5号光环上的洪魔又聚合成的生物，与十万年前的尸脑兽毫无关系）。三先知认为先行者在方舟中启动光环，除了杀灭银河系生物外，另一个作用就是将自己传送到先驱所在的“圣地”。为了踏上“朝圣之旅”，三先知欺骗了手下的各个种族（包括先知族），说开启光环可以净化全宇宙的生命，以利用他们寻找并占领各个光环和方舟。但被炸毁的4号光环的引导者----343罪恶火花从爆炸中逃了出来，将开启光环会杀死银河系所有生物的真相告知了4号光环附近的星盟驻军，驻军遂叛。

三先知将一名精英族舰长改造成特种战士（称为神风烈士），派其去镇压叛乱，被先知欺骗的神风烈士击毙叛军首领后，又登上5号光环，寻找发动光环的钥匙----“索引器”。在此期间，由于先知族一直戒备精英族，便借悲怆先知被杀之事指责精英族保护不力，并以此为由让鬼面兽族替代精英族的军事指挥地位。权力交替后，星盟七族对精英族展开灭族行动，神风烈士找到索引器后，也被悄悄尾随的先知心腹----鬼面兽首领塔塔罗斯暗算落崖（后被尸脑兽所救）。塔塔罗斯将索引器拿回博爱之城（由无畏号改装的星盟主力舰），交给了真相先知。

尸脑兽不希望光环被发动（那样它将没有可感染的寄生体），于是空间传送士官长到博爱之城，让他斩杀二先知，同时遣手下的洪魔攻入博爱之城。等士官长到达时，虫族已经杀死怜悯先知，真相先知则已率舰队赶往地球（进入方舟的传送门在地球上）。之后科塔娜留下引爆博爱之城，士官长遂去地球追杀真相先知，并留下科塔娜引爆博爱之城，但科塔娜被尸脑兽所擒，引爆失败。

在传送士官长到博爱之城时，尸脑兽也将神风烈士送到光环的基地中，以阻止拿着索引器的塔塔罗斯开启光环。虽然最终斩杀了塔塔罗斯，但其生前已经启动了光环。经努力，神风烈士让5号光环进入了待机状态，但根据预设，某个光环待机后，将会自动向其它光环送出信号，远端发动其余光环。由于不知道其它光环的位置，想要阻止另五座光环发动，就必须到达七座光环的总控室——方舟。