神原拓也，在他弟弟的生日那天，突然接到一个神秘的信息，让他在17点45分到自由之谷车站搭车到涉谷，在车上又收到请在涉谷站搭地下铁的信息。在坐电梯时，拓也见到了一个十分冷酷的男孩。而这时发生了奇怪的事情，电梯竟一直下到很深的地下！电梯打开时，面前是一个车站。拓也上了车后，发现又有3个人在同一辆车上。他们分别是柴山纯平、织本泉和冰见友树。列车到站后，4人已经来到了数码世界。